Displaying differences for changeset
 
display as  

src/csip/Config.java

@@ -99,7 +99,7 @@
         /* 
          The CSIP version
          */
-        put(CSIP_VERSION, "$version: 2.1.182 4b223e4206b6 2017-04-21 od, built at 2017-04-21 16:22 by od$");
+        put(CSIP_VERSION, "$version: 2.1.184 517af1ad8ffd 2017-04-21 od, built at 2017-04-25 16:37 by od$");
 
         /*
          * The runtime architecture. 
@@ -344,7 +344,7 @@
                         if (uri == null) {
                             throw new RuntimeException("missing uri configuration entry 'csip.archive.mongodb.uri'");
                         }
-                        archive = new MongoArchiveStore(uri);
+                        archive = new MongoArchiveStore1(uri);
                         break;
                     case NONE:
                         archive = ArchiveStore.NONE;

src/csip/ContextConfig.java

@@ -260,6 +260,7 @@
     }
 
 
+    @SuppressWarnings("unchecked")
     private void fromYaml(InputStream is) {
         Map<String, Object> yaml = (Map) new Yaml().load(is);
         if (!yaml.containsKey(KEY_API)) {
@@ -291,7 +292,7 @@
         if (o.has(KEY_CONFIG)) {
             c = o.getJSONObject(KEY_CONFIG);
         }
-        Iterator i = c.keys();
+        Iterator<?> i = c.keys();
         while (i.hasNext()) {
             String k = i.next().toString();
             String v = c.getString(k);

src/csip/ControlService.java

@@ -206,7 +206,7 @@
         synchronized (p) {
             try {
                 JSONObject o = new JSONObject(inputObj);
-                Iterator i = o.keys();
+                Iterator<?> i = o.keys();
                 while (i.hasNext()) {
                     String key = i.next().toString();
                     if (key.trim().equals("#") || key.trim().equals("//") || key.toLowerCase().startsWith("note")) {

src/csip/ModelDataService.java

@@ -544,7 +544,7 @@
     private Throwable process0() throws Exception {
         Resource[] resources = Binaries.getResourcesByType(getClass(), ResourceType.OMS_COMP);
         if (resources.length > 0) {
-            Class cl = getClass();
+            Class<?> cl = getClass();
             if (!resources[0].file().isEmpty()) {
                 String classname = resources[0].file();
                 cl = Thread.currentThread().getContextClassLoader().loadClass(classname);
@@ -744,6 +744,7 @@
      * @param mi
      * @deprecated
      */
+    @Deprecated
     public final void setMetainfo(JSONObject mi) {
         metainfo = mi;
     }
@@ -754,6 +755,7 @@
      * @param parameter
      * @deprecated
      */
+    @Deprecated
     public void setParam(JSONArray parameter) {
         param = parameter;
     }
@@ -764,6 +766,7 @@
      * @param req
      * @deprecated
      */
+    @Deprecated
     public final void setRequest(JSONObject req) {
         request = req;
     }
@@ -773,6 +776,7 @@
      * Set the Parameter map
      * @deprecated
      */
+    @Deprecated
     public final void setParamMap(Map<String, JSONObject> pm) {
         paramMap = pm;
     }
@@ -873,7 +877,7 @@
      */
     protected Set<String> getMetainfoNames() {
         Set<String> s = new TreeSet<>();
-        Iterator i = getMetainfo().keys();
+        Iterator<?> i = getMetainfo().keys();
         while (i.hasNext()) {
             s.add(i.next().toString());
         }
@@ -1569,6 +1573,7 @@
      * @param val the value to store
      * @deprecated
      */
+    @Deprecated
     protected void putResult(Object val) {
         results().put(val);
     }
@@ -2200,7 +2205,7 @@
         Resource[] resource = Binaries.getResourcesByType(getClass(), ResourceType.OMS_COMP);
         if (resource.length > 0) {
             try {
-                Class cl = getClass();
+                Class<?> cl = getClass();
                 if (!resource[0].file().isEmpty()) {
                     String classname = resource[0].file();
                     cl = Thread.currentThread().getContextClassLoader().loadClass(classname);

src/csip/MongoArchiveStore.java

@@ -30,15 +30,19 @@
 import java.io.InputStream;
 import java.util.LinkedHashSet;
 import java.util.Set;
+import java.util.logging.Logger;
 
 /**
  *
  */
+@Deprecated
 class MongoArchiveStore implements ArchiveStore {
 
     MongoClient mongo;
     String dbname;
     static final String fsColl = "fs";
+    
+    static final Logger LOG = Logger.getLogger(MongoArchiveStore.class.getName());
 
 
     MongoArchiveStore(String uri) {
@@ -53,19 +57,20 @@
     } // "mongodb://user:pass@host:port/db"
 
 
-    public synchronized void removeAll() {
-        DB db = mongo.getDB(dbname);
-        //Let's store the standard data in regular collection
-        DBCollection collection = db.getCollection(fsColl);
-        collection.remove(new BasicDBObject());
-        // remove all file in the bucket
-        GridFS fileStore = new GridFS(db, fsColl);
-        fileStore.remove((DBObject) null);
-    }
+//    public synchronized void removeAll() {
+//        DB db = mongo.getDB(dbname);
+//        //Let's store the standard data in regular collection
+//        DBCollection collection = db.getCollection(fsColl);
+//        collection.remove(new BasicDBObject());
+//        // remove all file in the bucket
+//        GridFS fileStore = new GridFS(db, fsColl);
+//        fileStore.remove((DBObject) null);
+//    }
 
 
     @Override
     public synchronized void archiveSession(String sid, ModelArchive ma, File f) throws Exception {
+        LOG.info("ARCHIVE archiveSession : " + sid + "  " + f);
         DB db = mongo.getDB(dbname);
         //Let's store the standard data in regular collection
         DBCollection collection = db.getCollection(fsColl);
@@ -114,6 +119,8 @@
 
     @Override
     public synchronized ModelArchive getArchive(String suid) throws Exception {
+        LOG.info("ARCHIVE getArchive : " + suid );
+
         DB db = mongo.getDB(dbname);
         DBCollection collection = db.getCollection(fsColl);
         BasicDBObject findQuery = new BasicDBObject("_id", suid);
@@ -133,6 +140,8 @@
 
     @Override
     public synchronized void removeArchive(String suid) {
+        LOG.info("ARCHIVE removeArchive : " + suid);
+
         DB db = mongo.getDB(dbname);
         DBCollection collection = db.getCollection(fsColl);
         BasicDBObject q = new BasicDBObject("_id", suid);
@@ -144,6 +153,8 @@
 
     @Override
     public synchronized byte[] getFile(String suid, String filename) throws Exception {
+        LOG.info("ARCHIVE getFile : " + suid + "  " + filename);
+
         DB db = mongo.getDB(dbname);
         GridFS fileStore = new GridFS(db, fsColl);
         BasicDBObject query = new BasicDBObject("_id", suid);

src/csip/PostgresChunk.java

@@ -20,7 +20,7 @@
  * @author od
  */
 public class PostgresChunk {
-    
+
     String name;
     double minLong;
     double maxLong;
@@ -35,11 +35,23 @@
     }
 
 
+    @Override
     public boolean equals(Object obj) {
         return this.name.equals(((PostgresChunk) obj).getName());
     }
 
 
+    @Override
+    public int hashCode() {
+        int result = 17;
+        result = 31 * result + name.hashCode();
+        result = (int) (31 * result + minLong);
+        result = (int) (31 * result + maxLong);
+        result = 31 * result + currentConnection;
+        return result;
+    }
+
+
     public String getName() {
         return name;
     }
@@ -101,5 +113,5 @@
         }
         return new JSONObject();
     }
-    
+
 }

src/csip/Registry.java

@@ -71,19 +71,19 @@
 
 
     String getServicePath(Class<?> c) {
-        Path p = (Path) c.getAnnotation(Path.class);
+        Path p = c.getAnnotation(Path.class);
         return (p == null) ? "" : p.value();
     }
 
 
     String getServiceName(Class<?> c) {
-        Name p = (Name) c.getAnnotation(Name.class);
+        Name p = c.getAnnotation(Name.class);
         return (p == null) ? "" : p.value();
     }
 
 
     String getServiceDescription(Class<?> c) {
-        Description p = (Description) c.getAnnotation(Description.class);
+        Description p =  c.getAnnotation(Description.class);
         return (p == null) ? "" : p.value();
     }
 

src/csip/ServiceException.java

@@ -18,6 +18,9 @@
  */
 public class ServiceException extends Exception {
 
+    private static final long serialVersionUID = 1L;
+    
+    
     /**
      * Exception Constructor
      *
@@ -27,6 +30,7 @@
         super(message);
     }
 
+
     /**
      * Exception Constructor
      *
@@ -37,6 +41,7 @@
         super(message, cause);
     }
 
+
     /**
      * exception Constructor.
      *

src/csip/Utils.java

@@ -129,7 +129,7 @@
     }
 
 
-    static void callStaticMethodIfExist(Class c, String method) {
+    static void callStaticMethodIfExist(Class<?> c, String method) {
         try {
             Method m = c.getMethod(method);
             m.invoke(null);

src/csip/test/ServiceTest2.java

@@ -166,8 +166,8 @@
         for (int i = 0; i < rounds; i++) {
             Services.runParallel(files.length, concurrent, attempts, bq_size, new Services.CallableFactory() {
                 @Override
-                public Callable create(final int i) {
-                    return (Callable) () -> {
+                public Callable<?> create(final int i) {
+                    return (Callable<?>) () -> {
                         if (delay > 0) {
                             try {
                                 Thread.sleep(delay);

src/csip/utils/Binaries.java

@@ -188,8 +188,8 @@
     private static final long DATE_AT_STARTUP = new Date().getTime();
     private static final long DATE_AT_STARTUP_SEC = DATE_AT_STARTUP / 1000l;
 
-    private static SimpleCache<Class, Resource[]> rc = new SimpleCache<>();
-    private static SimpleCache<Class, Boolean> extractCache = new SimpleCache<>();
+    private static SimpleCache<Class<?>, Resource[]> rc = new SimpleCache<>();
+    private static SimpleCache<Class<?>, Boolean> extractCache = new SimpleCache<>();
 
 
     /**
@@ -703,7 +703,7 @@
 
     public static void extractAllResources(Class<?> c, SessionLogger LOG) throws ServiceException {
         // do this only once per class, hence the SimpleCache
-        extractCache.get(c, (Class k) -> {
+        extractCache.get(c, (Class<?> k) -> {
             File csip_home = new File(Config.getString(CSIP_DIR));
             csip_home.mkdirs();
             for (Resource resource : getMergedResources(c)) {
@@ -955,6 +955,7 @@
      * @param in
      * @return the size in bytes.
      */
+    @SuppressWarnings("fallthrough")
     public static long parseByteSize(String in) {
         in = in.trim().replaceAll(",", ".");
         try {

src/csip/utils/JSONUtils.java

@@ -133,7 +133,7 @@
 
 
     public static String[] getNames(JSONObject o) {
-        Iterator i = o.keys();
+        Iterator<?> i = o.keys();
         ArrayList<String> l = new ArrayList<>();
         while (i.hasNext()) {
             l.add(i.next().toString());

src/csip/utils/Services.java

@@ -439,7 +439,7 @@
 
     public interface CallableFactory {
 
-        Callable create(int i);
+        Callable<?> create(int i);
     }
 
 
@@ -514,7 +514,7 @@
         final ExecutorService exec = getES(threads_, bq);
         final CountDownLatch latch = new CountDownLatch(count);
         for (int i = 0; i < count; i++) {
-            final Callable c = factory.create(i);
+            final Callable<?> c = factory.create(i);
             exec.submit(new Runnable() {
                 @Override
                 public void run() {

src/csip/utils/SimpleCache.java

@@ -18,9 +18,15 @@
  * Simple, non-evicting cache. Good for Resource caching.
  *
  * @author od
+ * @param <K>
+ * @param <V>
  */
 public class SimpleCache<K, V> extends ConcurrentHashMap<K, V> {
 
+    private static final long serialVersionUID = 1L;
+    
+    
+
     /**
      * Get the cache entry. If not present, the Function f will be invoked to
      * create one.